Service de micropuces à ADN (Microarrays)

Le FRSQ-Réseau Cancer Core Genomic Facility (RCCGF) est heureux d’annoncer le lancement d’un service d’analyse de l’expression génique utilisant la plateforme Agilent Technologies. Les micropuces de Agilent, sur lesquelles sont imprimés des oligonucléotides de 60mers, permettent d’hybrider et de détecter une paire d’échantillons.

Nous utilisons des préparations d’ARN total et pouvons comparer les patrons d’expression génique de deux (ou plus) échantillons d’ARN en utilisant soit la méthode de marquage direct, soit la méthode d’amplification linéaire de l’ARN.

Préparations d’ARN: Environ 25 µg d’ARN total sont nécessaires pour le marquage direct, alors que 50 ng suffisent pour l’amplification linéaire (300-500 ng, en comptant l’analyse de la quantité/qualité de l’ARN). Fournir si possible une photo de la migration de l’ARN sur gel d’agarose ainsi que le ratio d’absorbance à 260/280 nm. Tous les échantillons d’ARN seront analysés avec le Bioanalyser 2100 de Agilent et les échantillons ne répondant pas aux standards de qualité seront rejetés. Le coût de l’analyse par le Bioanalyser ($5/échantillon) est à la charge du client.

L’ARN doit être dilué dans l’eau (exempte de RNase). Pour la méthode de marquage direct, l’ARN doit avoir une concentration égale ou supérieure à 1 µg/µl. Ne pas diluer l’ARN dans des tampons contenant du SDS ou d’autres détergents, parce que cela pourrait inhiber l’enzyme utilisée pour marquer la sonde. L’ARN doit être expédié sur glace sèche, dans une boîte indiquant «matériel périssable», et doit être reçu au plus tard à 14h le vendredi. Expédier à:

FRSQ-réseau cancer core genomic facility
Attn: Dimcho Bachvarov
CHUQ-Centre de recherche, L'Hôtel-Dieu de Québec
9, rue McMahon, Québec (Québec)
Canada G1R 2J6
Tel: (418) 525-4444, ext. 15590
Fax: (418) 691-5439
Email: dimtcho.batchvarov@crhdq.ulaval.ca

Pour effectuer une expérience de micropuce, veuillez nous faire parvenir par courriel le formulaire de demande. Ce formulaire doit contenir l’information concernant le genre d’analyse demandé (ex: quels échantillons doivent être comparés, quel est l’échantillon contrôle, etc). Nous pouvons également vous conseiller pour le design de votre expérience. Après la réception du formulaire, nous vous aviserons des délais pour compléter l’expérience et l’analyse.

Après l’analyse, nous vous donnerons un fichier Excel contenant les données pour tous les gènes, d’où nous aurons aussi extrait les données pour les gènes montrant un changement significatif dans leur expression selon le seuil choisi (ex: ratio ≥ 2). Nous conservons les fichiers dans nos ordinateurs pendant deux semaines après l’envoi des données. Nous offrons un service additionnel d'analyses des données d'expression génique utilisant le "GeneSpring software" de Agilent. Le coût du service est déterminé selon les besoins spécifiques de l'analyse.

Le tableau suivant indique les prix pour une expérience comprenant une micropuce Agilent et tous les réactifs nécessaires au marquage, hybridation et lavages des deux échantillons d’ARN dont vous voulez comparer l’expression. Les prix sont effectifs à partir de mai 2004, sont en dollars canadiens, et n’incluent pas les taxes (TPS et TVQ). Les chercheurs à l’extérieur du Canada n’ont pas à payer ces taxes, alors que les chercheurs canadiens à l’extérieur du Québec ne paient que la TPS.

*Le prix indiqué est pour chaque expérience de comparaison d’expression entre deux échantillons. Cependant, la micropuce de levure contient deux ensembles identiques de 10 807 gènes et est donc utilisée pour effectuer deux expériences (différentes ou duplicata) en simultané. Nous n’utilisons pas la micropuce de levure pour une expérience individuelle.

**Les micropuces Agilent 4x44K comprend 4 compartiments de 44000 gènes par lame permettant l’exécution de 4 analyses d’expression génique global par lame. Il est recommandé d’utiliser ces micropuces 4x44K pour les analyses en groupe de 4. Les chercheurs qui ont besoin d’une ou 2 analyses peut utiliser les micropuces Agilent 1x44K (Génome: humain, souris ou rat). Autrement le chercheur peut attendre de se combiner avec d’autres chercheurs qui a aussi besoin d’une ou 2 analyses.

De plus amples informations sur les micropuces à oligos de Agilent sont disponibles sur le site web de Agilent: http://www.agilent.com/chem/dna

B) Service d’analyse de l’expression des microARNs (miARNs)

Le FRSQ-Réseau Cancer Core Genomic Facility (RCCGF) a récemment lancé un service d’analyse de l’expression des miARNs utilisant les micropuces à miARNs Agilent humaines, de souris et de rats. La micropuce Agilent humaine (Rel 12.0) contient  866 miARNs humains et 89 miARNs humains-viraux, tandis que la micropuce Agilent de souris (Rel 12.0) contient  627 miARNs de souris et 39 miARNs de souris-viraux, et la micropuce Agilent de rats contient 350 miARNs de rats. Les micropuces miARNs sont imprimés sur des lames de format 8 x15K en utilisant la technologie 60-mer SurePrint d’Agilent. Le contenu complet des trois micropuces à miARNs est tiré de Sanger miRBase. Pour plus d’information, voir le site web d’Agilent: http://www.chem.agilent.com/en-us/products/instruments/dnamicroarrays/pages/gp56303.aspx

Préparations d’ARN: Environ 1-2 µg d’ARN total sont nécessaires pour l’analyse d’expression des miARNs. L’ARN doit être dilué dans l’eau (exempte de RNase). Fournir si possible une photo de la migration de l’ARN sur gel d’agarose ainsi que le ratio d’absorbance à 260/280 nm. Tous les échantillons d’ARN seront analysés avec le Bioanalyser 2100 d’Agilent et les échantillons ne répondant pas aux standards de qualité seront rejetés. Le coût de l’analyse par le Bioanalyser ($5/échantillon) est à la charge du client.
Les méthodes d’extraction suivantes ont bien fonctionné avec le système de micropuces à miARNs d’Agilent :

1. Absolutely RNA miRNA Kit - Agilent p/n 400814
2. miRNeasy Mini Kit - Qiagen p/n 217004
3. mirVana RNA Isolation Kit - Applied Biosystem p/n AM1560
4. TRIZOL Reagent (100 mL) - Invitrogen p/n 15596-026

Lorsque vous utilisez ces kits ou autres, utiliser le protocole d’isolation de l’ARN total. Ne pas utiliser les protocoles de fractionnement de taille ou d’enrichissement de petit ARN.

L’ARN doit être expédié sur glace sèche, dans une boîte indiquant «matériel périssable», et doit être reçu au plus tard à 14h le vendredi. Expédier à:
FRSQ-réseau cancer core genomic facility

Attn: Dimcho Bachvarov
CHUQ-Centre de recherche, L'Hôtel-Dieu de Québec
9, rue McMahon, Québec (Québec)
Canada G1R 2J6
Tel: (418) 525-4444, ext. 15590
Fax: (418) 691-5439
Email: dimtcho.batchvarov@crhdq.ulaval.ca

Pour effectuer une expérience de micropuce à miARN, veuillez nous faire parvenir par courriel le formulaire de demande. Ce formulaire doit contenir l’information concernant le genre d’analyse demandé (ex: quels échantillons doivent être comparés, quel est l’échantillon contrôle, etc.).
Après l’analyse, nous vous donnerons un fichier Excel contenant les données pour tous les miARNs, d’où nous aurons aussi extrait les données pour les miARNs montrant un changement significatif dans leur expression selon le seuil choisi (ex: ratio ≥ 2). Nous conservons les fichiers dans nos ordinateurs pendant deux semaines après l’envoi des données. Nous offrons un service additionnel d'analyse des données d'expression génique utilisant le "GeneSpring software" d’Agilent. Le coût du service est déterminé selon les besoins spécifiques de l'analyse.

Le tableau suivant indique les prix pour une expérience comprenant une micropuce à miARN (Agilent) et tous les réactifs nécessaires au marquage, à l’hybridation et aux lavages des micropuces à miARNs. Les prix sont en dollars canadiens, et n’incluent pas les taxes (TPS et TVQ). Les chercheurs à l’extérieur du Canada n’ont pas à payer ces taxes, alors que les chercheurs canadiens à l’extérieur du Québec ne paient que la TPS.

*Les micropuces à miARNs (Agilent) sont imprimes dans un format 8 x 15K, ce qui nécessite huit expériences de micropuces par lame.  Il est donc fortement recommandé d’utiliser ces micropuces à miARNs lorsque 8, 16, 24, etc. analyses sont nécessaires.

Dimcho Bachvarov, Ph.D.
Directeur du FRSQ-réseau cancer core genomic facility
Professeur titulaire
Département de Médecine, Université Laval et
CHUQ-Centre de recherche, L’Hôtel-Dieu de Québec
9, rue McMahon, Québec (Québec), Canada G1R 2J6
Téléphone: (418) 525-4444, poste15590
Télécopieur: (418) 691-5439
Courriel : dimtcho.batchvarov@crhdq.ulaval.ca

Publications:

Deschenes F, Massip L, Garand C, Lebel M. In vivo misregulation of genes involved in apoptosis, development and oxidative stress in mice lacking both functional Werner syndrome protein and poly(ADP-ribose) polymerase-1. Hum Mol Genet. 2005;14(21):3293-308.

Fauteux F, Chain F, Belzile F, Menzies JG, Belanger RR. The protective role of silicon in the Arabidopsis-powdery mildew pathosystem. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006;103(46):17554-9.

Bachvarov D, Bachvarova M, Koumangaye R, Klein J, Pesquero JB, Neau E, Bader M, Schanstra JP, Bascands JL. Renal gene expression profiling using kinin B1 and B2 receptor knockout mice reveals comparable modulation of functionally related genes Biolog Chem. 2006; 387: 15-22.

Zimon A, Bissell B, Erat A, von Wald T, Choi C, Reindollar R, Bachvarov D, Usheva A. Genes invoked in the ovarian transition to menopause. Nucl. Acids Res. 2006;34(11):3279-87.

L'Esperance, S., Popa, I., Bachvarova, M., Plante, M. Patten, N., Wu, L., Têtu, B. and Bachvarov, D. Gene expression profiling of paired tumor samples obtained prior to and following adjuvant chemotherapy: molecular signatures of chemoresistant tumors. Int J Oncol 2006; 29(1):5-24.

Bachvarov, D., L'Esperance, L., Popa, I., Bachvarova, M., Plante, M. and Têtu, B. Gene expression patterns of chemoresistant and chemosensitive ovarian serous adenocarcinomas with possible prognostic value in response to initial chemotherapy.Int. J. Oncol. 2006;29(4):919-33.

Schanstra J., Bachvarova M, Neau E, Bascands JL, Bachvarov D. Gene expression profiling in the remnant kidney model of wild type and kinin B1 and B2 receptor knockout mice. Kidney Int. 2007 Aug;72(4):442-54.